1、手術創口無法一期關閉，或者不能無張力縫合：
非潛人式種植手術多選擇牙槽脊頂的切口，當粘膜瓣較厚，且表面為附著齦時張力較大，不能完全關閉癒合基臺近遠中兩端。如果潛入式種植術後的覆蓋螺絲凸起於骨表面，創口也可能無法完全關閉。強行拉攏縫合後，再生的粘膜表面平坦甚至凹陷。用局部轉瓣的方法可以恢復較小的缺損，較大的缺損就需要通過游離移植粘膜組織或者其他方法解決。
2、角化齦不足甚至消失，齦緣高度低，修復後的牙冠過長，或頸部暴露金屬：
角化齦不足，膜齦聯合位置接近牙槽脊頂。修復後牙齦邊緣高度降低，牙冠“變長”，與鄰牙不協調。處理方法包括冠向複位瓣技術、局部轉瓣和游離齦移植等。
3、邊緣齦組織較薄透出金屬顏色：
牙齦過薄及種植體唇傾，修復後齦緣會透出金屬顏色，可使用瓷基臺，或游離移植粘膜增加厚度。角化齦足夠時，可選擇結締組織移植和齶粘膜瓣的折疊技術等。
4、因骨吸收等原因造成頰側豐滿度不足：
缺牙後牙槽骨吸收，寬度變窄，同時因缺少牙根的支撐，唇頰側的豐滿度小於鄰牙。如果存在較大的骨缺損需要植骨，則植骨同時就可以恢復豐滿度，而不必植骨者，可在凹陷處游離移植粘膜，或應用齶粘膜瓣的折疊技術等軟組織處理技術。
5、修復後牙間乳頭高度不足，甚至完全沒有牙間乳頭形態，形成“黑三角”：
牙間乳頭的恢復是實現美學修復效果的重要方面，“黑三角”的存在會造成較大的美學缺憾。正常的牙間乳頭充滿外展隙，形態自然美觀。牙缺失後局部牙槽脊吸收變平，高度降低，牙間乳頭萎縮。而種植體植人後，齦乳頭也不能自然恢復。即刻種植由於保留了一定正常的牙齦和牙間乳頭形態，術後可以獲得相對正常的軟組織形態。延期種植就需要在局部轉瓣或游離移植較多的軟組織以重塑牙間乳頭。
經過幾個月的癒合期，術後形成的牙間乳頭形態會有三種變化趨勢：
①牙間乳頭有不同程度的萎縮，原因可能是下方骨吸收，支持不足，又沒有正常的功能性刺激維持牙齦形態，以及局部衛生欠住等多種因素。
②牙間乳頭生理性增生，更趨於健康和自然，原因可能是合理的臨時冠對牙齦的引導作用。
③牙間乳頭的形態基本維持不變。牙間乳頭發生增生還是萎縮，其真正的機制目前並不清楚。
在多顆種植體之間較難形成自然的牙間乳頭形態，因為種植體之間的骨和軟組織都是平坦的，只有在組織有一定厚度的前提下採取措施才能形成部分牙間乳頭形態。如果種植修復位於磨牙區，則並不十分強調牙間乳頭的高度。因為美觀要求相對較低，並日保持修復後牙冠之間的間隙有利於清潔。
6、粘膜品質不佳,修復體就位後容易因食物的機械性刺激和摩擦產生疼痛及炎症反應，甚至發生軟組織增生，必要時需去除。
臨床中還存在其他一些情況，會造成種植義齒周圍的軟組織不健康、不自然和不美觀。切口癒合後形成的瘢痕對前牙區種植修復有一定影響，有時可能比較明顯或存在感覺異常，但因為這類切口有不可替代的優勢，比如可以保護牙間乳頭、維持牙齦高度或為了暴露術區而必須採用。經過一段時間瘢痕常可以消失，對美觀影響不大。
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